Collezioni archeologiche, artistiche e numismatiche
In questa prima sezione sono raccolti i reperti archeologici provenienti dal territorio sammarinese.
La ricerca archeologica sistematica nella Repubblica di San Marino data a tempi recenti, ma ha già fruttato diversi reperti, oggi esposti nel Museo, e soprattutto una miglior conoscenza della storia antica del territorio che è stato frequentato fin dall'età della pietra e ha ospitato piccoli insediamenti villanoviani e romani. I recenti scavi hanno inoltre evidenziato come esistano strette analogie fra la storia antica e alcuni elementi della leggenda del santo fondatore Marino.
In località Poggio Castellano sono emersi nel 1997 i resti di una capanna subcircolare databile alla seconda metà dell'VIII secolo a.C. (Sala I). Sul monte Titano, in località Tanaccia, dal V secolo a. C. al I secolo d. C. è esistito un santuario rupestre a valenza medica e taumaturgica assai frequentato, come dimostrano gli ex voto bronzei e fittili e le monete rinvenuti fra il 1990 e il 1994. (Sala I)
Nelle colline circostanti sono stati identificati numerosi insediamenti rustici romani, alcuni dei quali dotati di un settore residenziale (sito di Domagnano), e luoghi di produzione di laterizi e ceramiche (Maiano, Ca' Rigo); il recente rinvenimento in contesti di età romana di manufatti in pietra locale, attesta la presenza sul Monte Titano di cave di pietra fin dall'antichità. In alcuni casi, come nel sito di Domagnano, le indagini archeologiche hanno potuto dimostrare una continuità di insediamento fino all'epoca gota. (Sala II)
La presenza gota in territorio sembra confermata anche dalla scoperta del cosiddetto "tesoro di Domagnano", costituito da numerosi pezzi di oreficeria di straordinaria fattura databili fra il V e VI secolo e rinvenuti casualmente alla fine dell'Ottocento nei pressi del paese di Domagnano. Il Medio Evo ha lasciato molte tracce a San Marino: nella conformazione della città e dei paesi, nelle mura di cinta, nelle torri e nelle fortificazioni a difesa del territorio, nelle stesse istituzioni. Nel Medio Evo, d’altra parte, prende forma la "libertà" sammarinese, rivendicata a cominciare almeno dal IX secolo (nel famoso "Placito Feretrano") e prendono forma le istituzioni sammarinesi. Ma poche testimonianze medievali sono confluite nel Museo: appena qualche elemento architettonico erratico e qualche reperto di scavo, il cui nucleo principale è costituito dai ritrovamenti di Castellaro di Casole.(Sala III)
Dal VI secolo è documentato a San Marino un monasterium, probabilmente il nucleo iniziale della Città e della sua antica Pieve: di quest'ultima, abbattuta e ricostruita nel XIX secolo, il museo espone alcuni elementi architettonici e un bel polittico rinascimentale dovuto a Francesco Menzocchi (c.1530). (Sala IV)
In questa sezione del Museo sono raccolte le opere d'arte legate alla storia e al mito della Repubblica, molte delle quali originariamente ornavano i più importanti edifici pubblici e di culto della Città di San Marino.
L'esposizione inizia dai dipinti e dagli oggetti provenienti dall'antico Monastero di Santa Chiara che oggi, dopo la sua ristrutturazione, ospita mostre temporanee ed è sede di alcuni uffici dello Stato. (Sala V)
La sala principale è riservata ai capolavori: fra tutti vanno ricordati i dipinti del Guercino e dei suoi seguaci, Cesare e Benedetto Gennari, Matteo Loves, Elisabetta Sirani. (Sala VI)
Ai principali protettori della Repubblica, San Marino e Sant’Agata, sono ispirate le opere raccolte nella sala attigua, che inoltre presenta caratteristici oggetti per il funzionamento delle Istituzioni (urne e piatti per le votazioni, il giuramento dei Reggenti ecc.) (Sala VII); nella sala accanto sono esposti alcune suppellettili d’uso: boccali, strumenti musicali, giochi, e le insegne dei principali ordini cavallereschi della Repubblica. (Sala VIII)
L'ultima sala del piano è dedicata alle origini del Museo di Stato, con i primi doni ricevuti nell’Ottocento, fra i quali alcune preziose tavole e sculture del XV e XVI secolo. (Sala IX)
Il Museo espone oltre ad una collezione di reperti litici (Sala XIII), una bella raccolta di materiale egizio, con statuette funerarie (ushabti), bronzetti di divinità, amuleti e una rara collezione di 23 ampolle di San Mena, dovute a svariate donazioni (Sala XIV).
Altrettanto ampie sono le raccolte di vasi: oltre ad un buon nucleo di ceramiche cipriote, la collezione annovera vasi greci, etruschi e italioti a figure nere e rosse, in gran parte provenienti dall'Italia meridionale, e di ceramiche e oggetti romani votivi (Sala XIV), ornamentali e d'uso quotidiano (anfore, vasi, vetri, lucerne, collane, fibule ecc.) (Sala XV)
In una apposita saletta è esposta una collezione di preziosi esemplari delle prime emissioni numismatiche dello Stato, iniziate nel 1864, comprendente anche pezzi unici e prove di conio, e collezioni di medaglie. (Sala XVI)
In questo piano è presentata una selezione dei donativi - dipinti, ceramiche e oggetti artistici - pervenuti al Museo dal 1865 ad oggi.
Fra i doni pervenuti dalle più svariate parti d’Europa sono stati scelti per essere qui esposti oggetti medioevali, fra cui rari smalti di Limoges, e una piccola collezione di icone bizantine. (Sala X)
Sono esposti inoltre alcuni dipinti settecenteschi provenienti dall'America latina (Sala XI), dipinti del Cinquecento e del Seicento, sculture in legno e in bronzo. (Sala XII)
Pregevole la raccolta di maioliche europee con pezzi provenienti da fabbriche italiane (Sala X) francesi e olandesi. (Sala XI)