Collezione di quadri e arte sacra
Quasi interamente dedicata all'esposizione della quadreria, ospita alcune delle opere più significative e di maggior pregio della Repubblica. Fra queste meritano una particolare attenzione due ancone opera di Girolamo Marchesi da Cotignola (Ravenna 1472 ca. - Roma 1540 ca.), raffiguranti l'una la Concezione con i santi Agostino e Anselmo (1512), l'altra la Vergine in trono e i santi (1540).
La prima tavola, commissionata dai frati per l'altare della Concezione, costituisce un'opera fondamentale nella produzione dell'artista e mostra una delle più antiche raffigurazioni del Monte Titano. L'altra, realizzata dal Cotignola in un secondo tempo, contiene invece una delle prime e più efficaci raffigurazioni ideali del Santo Marino che viene ritratto mentre sorregge e dunque "protegge" la sua città.
Veramente preziose inoltre due piccole tavole a fondo oro, attribuite a Niccolò di Liberatore detto l'Alunno (1430 ca. - 1502), raffiguranti ciascuna una coppia di santi francescani e precisamente San Bonaventura e Sant'Antonio da Padova e Papa Nicolò IV e San Francesco. Sicuramente pertinenti alla predella di un grandioso polittico realizzato intorno al 1472, oggi disperso, sono lo splendido risultato della collaborazione fra il pittore umbro e un valente maestro d'ascia.
Di pregevole fattura è anche la grande tavola quattrocentesca raffigurante Sant'Antonio Abate fra i santi Antonio da Padova e Agata eseguito alla maniera perugina dal pittore urbinate Timoteo Viti, maestro di Raffaello. L'ancona, che un tempo ornava uno degli altari della chiesa conventuale, offre una delle immagini più antiche della Santa che verrà elevata al rango di compatrona della Repubblica nel 1740.
Fra gli antichi arredi del convento un raro cassone-forziere, databile al I quarto del XVII secolo. Di solida ed essenziale fattura, palesa la sua funzione nel duplice sistema di chiusura che oltre ai chiavistelli frontali, oggi mancanti, include una ingegnosa serratura la cui apertura esige l'inserimento contemporaneo di tre chiavi, che un tempo venivano affidate a tre diversi religiosi.
Fra i preziosi accessori liturgici esposti meritano una particolare attenzione un Turibolo e navicella in argento bulinato e cesellato, databili agli inizi del XVI secolo. La fattura di questi preziosi accessori liturgici è attribuita al famoso orafo sammarinese Antonio Fabbri (1450-1529). Incisore ufficiale presso la Santa Sede dal 1476 al 1522 e ambasciatore della Repubblica di San Marino presso Papa Leone X, ebbe stretti legami di amicizia con Benvenuto Cellini e con Raffaello, che lo onorò della sua stima al punto di menzionarlo nel proprio testamento.
Veramente notevole fra i dipinti della raccolta l'affresco quattrocentesco raffigurante l'Adorazione dei Magi attribuito ad Bitino da Faenza. L'elegantissima raffigurazione tardogotica costituisce una delle opere d’arte più antiche della Repubblica. Realizzato fra il 1430 e il 1437 per l' "Altare dei Re Magi" dell'attigua chiesa francescana e rinvenuto durante i lavori di restauro effettuati nel 1960, l'affresco faceva parte di un complesso decorativo più ampio, che venne interamente sacrificato durante la ristrutturazione settentesca.
Il Museo Pinacoteca San Francesco ospita in 2 sale al primo piano, le opere donate dall’artista Emilio Ambron (Roma 1905 - Firenze 1996). La raccolta dedicata all’artista si compone di sculture e dipinti della prima metà del 900.
Il convento annesso e la chiesa inizialmente avevano sede a Murata, presso la città di San Marino, ma poi papa Clemente VII concesse lo spostamento della chiesa e del convento nella città di San Marino perché a Murata c'era pericolo di incursioni dei Malatesta.
La costruzione venne cominciata nel 1351 e terminata verso il 1400, per la costruzione furono usati i materiali della chiesa e del convento soppresso. Il rosone fu coperto nel seicento ma è stato riportato alla luce nell'ultima ristrutturazione eseguita da Gino Zani che l'ha riportata in gran parte alle linee originarie. Alla costruzione parteciparono sia maestranze sammarinesi che comacine, infatti vi figurano i nomi di Mastro Battista da Como e Mastro Manetto Sammarinese. Nel chiostro si trova la tomba del vescovo Marino Madroni, vissuto nel quattrocento che apparteneva ai frati minori conventuali.